La chiesa di S. Pietro a Cesarano sorge sulla collina del Morricone che, sul versante nord, sovrasta Mugnano del Cardinale, in un sito ove già in età romana sorgeva un importante insediamento, denominato Cesarano e costituito da una probabile villa rustica (ossia da una sorta di fattoria con annessa casa padronale). 

In tale sito è documentata, sin dal Medioevo, la presenza di una chiesa dedicata ai Santi Pietro e Paolo, che la tradizione erudita fa risalire al VI secolo ma che compare per la prima volta in una fonte certa solo agli inizi del Trecento.

Nel 1641 la chiesa, unitamente ad alcuni terreni e fabbricati adiacenti, con un regolare contratto notarile, fu affidata dal Comune di Mugnano al sacerdote napoletano padre Michele Trabucco per la fondazione di una congregazione di preti regolari, incaricata di curare la vita spirituale della popolazione e di offrire istruzione gratuita ai giovani. Padre Trabucco rispettò pienamente l’accordo  restaurando la chiesetta, costruendo l’annesso convento e, dopo breve, tempo fondò la Congregazione dei Preti Missionari di San Pietro a Cesarano, ufficializzata con l’approvazione della Regola da parte del vescovo di Nola, mons. Giambattista Lancellotti, il 16 luglio 1650.

Nel 1719, a causa delle precarie condizioni, l’antica chiesa fu abbattuta e ricostruita dalle fondamenta, su progetto dell’architetto napoletano Antonio Guidetti. Sorse così l’edificio tuttora esistente, in stile tardo barocco, ad una sola navata, scandita da tre campate con volta a botte e con pavimentazione mista con mattonelle in cotto e in maiolica.

Tra i successori di padre Trabucco si distinsero p. Giuseppe Pecchia e soprattutto p. Luca Di Gennaro, considerato il “secondo fondatore” per aver sistemato i terreni circostanti ed istituito un importante museo di antichità e una ricca biblioteca. Alla sua morte, nel 1741, gli succedette p. Pasquale Bianchi, che nel 1745 scoprì il celebre Cippus Abellanus, fondamentale documento della lingua osca. Nel convento di San Pietro a Cesarano si formarono, inoltre, numerosi altri studiosi di rilievo, fra i quali p. Antonio Vetrani, i quali fornirono un non trascurabile contributo alla vita culturale napoletana.

A seguito dell’Unità d’Italia, nel 1861, la Congregazione dei Padri Missionari di S. Pietro a Cesarano, come molte altre, fu soppressa e il relativo convento fu destinato, nel 1868 ad ospitare un Ginnasio comunale, intitolato, tre anni dopo, ad Alessandro Manzoni. 

“Pareggiato” agli istituti statali nel 1895, l’istituto rimase in funzione (dal 1936 anche come Liceo) fino al 1964, allorché fu definitivamente chiuso e, unitamente alla chiesa, praticamente abbandonato a se stesso.

Nel 1969 il Comune di Mugnano del Cardinale (che ne era ancora formalmente il proprietario) vendette il convento e l’annessa chiesa alla curia vescovile di Aversa che, restaurata la chiesa e risistemati gli annessi immobili, ne ha fatto un centro pastorale intitolato a S. Giovanni Paolo II, affidato alle cure delle Suore Missionarie della Piccola Casetta di Nazareth.